Naturellement liés à l’homme, les bactéries et les virus ont depuis toujours suivi et marqué la civilisation humaine. Aujourd’hui, confrontée à un nouvel « ennemi », pour reprendre les termes martiaux utilisés, l’humanité parait encore une fois abasourdie par la gageure du COVID-19. Toutefois, en remontant le temps, ce fut, semble-t-il, toujours le cas. Plus proche de nous, La Peste romancée par Albert Camus n’est pas un phénomène d’un autre âge ; toutes sortes de pestes peuvent exister encore à notre époque, et existeront toujours. Tout comme ceux qui disent aujourd’hui qu’il n’y a pas de Corona ou c’est plutôt une affection gériatrique, les habitants d’Oran du roman de Camus associaient la peste à un phénomène d’un autre âge, qui aurait dû avoir disparu depuis longtemps. À leurs propres yeux, ils étaient des gens “modernes”, avec des médecins et des hôpitaux, des téléphones, des tramways, des voitures, des avions, des radios, des journaux (aujourd’hui, TGV, Télévision, Internet, smartphones en plus) !
La pandémie du Covid-19 a huit mois aujourd’hui et ses pourtours demeurent encore incertains. Les mêmes questions se posent : le virus partira ou pas ; y’a-t-il une deuxième vague ou pas, mutera-t-il ou pas, un vaccin pour quand ?…. Entre temps la présumée banale gripette poursuit et accroit ses ravages partout sauf dans une dizaine d’îles microscopiques, naturellement confinées, situées dans le Pacifique. Plus de 800.000 victimes déjà et à chaque bilan quotidien, une image poignante, auparavant exprimée par Albert Camus dans La Peste, surgit dans mon esprit et que je reproduis in extenso : « Mais à midi, la fièvre était montée d’un seul coup à quarante degrés, le malade délirait sans arrêt et les vomissements avaient repris. Les ganglions du cou étaient douloureux au toucher et le concierge semblait vouloir tenir sa tête le plus possible éloignée du corps. Sa femme était assise au pied du lit, les mains sur la couverture, tenant doucement les pieds du malade. Elle regardait Rieux.
– Écoutez, dit celui-ci, il faut l’isoler et tenter un traitement d’exception. Je téléphone à l’hôpital et nous le transporterons en ambulance.
Deux heures après, dans l’ambulance, le docteur et la femme se penchaient sur le malade. De sa bouche tapissée de fongosités, des bribes de mots sortaient : « Les rats ! » disait-il. Verdâtre, les lèvres cireuses, les paupières plombées, le souffle saccadé et court, écartelé par les ganglions, tassé au fond de sa couchette comme s’il eût voulu la refermer sur lui ou comme si quelque chose, venu du fond de la terre, l’appelait sans répit, le concierge étouffait sous une pesée invisible. La femme pleurait.
– N’y a-t-il donc plus d’espoir, docteur ?
– Il est mort, dit Rieux. »
Cet article est la plongée d’un éco-entomologiste dans le virus – qui, à l’instant où je le compose, continue ses ravages – pour mettre en lumière dans une poignée de lignes quelques éléments de son écologie au bénéfice des lecteurs d’Agriculture du Maghreb.
Les infections arbovirales émergentes, le plus triste thème de l’actualité mondiale en ce moment, sont des maladies virales, qui s’étendent brusquement et gravement dans une aire géographique jusqu’à devenir une crainte planétaire grave. L’émergence de ces maladies est due à des facteurs écologiques, agro-pastoraux, agro-industriels, zootechniques, démographiques, aux phénomènes de résurgence d’anciens virus … C’est incontestablement le résultat d’une cécité coupable de l’homme qui ignore les avertissements répétés de la nature, mais aussi le revers de la médaille de ce monde devenu bien ouvert. D’une manière résumée, l’écologie et les activités humaines irraisonnées paraissent être les causes clés de l’éruption de ces infections.
Taxonomie des virus
Comparativement à d’autres disciplines (zoologie et botanique entre autres), la virologie est une science très jeune. Le premier virus découvert est celui de la mosaïque du tabac en 1892 à partir d’un extrait de feuille malade. L’appartenance des virus au monde vivant étant toujours sujette à controverse, leur classification n’est pas assimilée à celle admise pour les êtres doués de vie (animaux, végétaux, bactéries…). Deux méthodes de leur classement font autorité :
– la classification dite de Baltimore, proposée par David Baltimore, lauréat du prix Nobel de médecine en 1975, basée sur le type d’acide nucléique des virus (ADN ou ARN) et son mode d’expression ;
– la classification de l’International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV), qui utilise une méthode semblable à celle en usage pour les êtres vivants, où les virus sont rangés par ordre, famille, sous-famille, genre et espèce.
Ces deux méthodes ne sont pas antagonistes et peuvent tout à fait se mêler l’une à l’autre, car la classification de l’ICTV reprend certains critères de celle de Baltimore. Aucune des deux ne prétend être phylogénétique, c’est-à-dire basée sur des relations de parenté, car l’origine commune des virus ne peut pas encore être mise en évidence par la comparaison de leurs séquences nucléotidiques. Un pas vers une classification phylogénétique est toutefois franchi en octobre 2018 avec la reconnaissance par l’ICTV du regroupement des virus à ARN simple brin à polarité négative en un embranchement, deux sous-embranchements et six classes.
La grande majorité des arbovirus appartiennent aux cinq familles suivantes : Bunyaviridae, Flaviviridae, Retroviridae, Rhabdoviridae et Togaviridae, les plus importantes maladies infectieuses qu’ils transmettent sont le syndrome respiratoire du Moyen-Orient MERS Cov (Coronaviridae), la maladie à virus Marburg (Filoviridae), le syndrome respiratoire aigu sévère Sars-CoV (Coronaviridae), la maladie à virus Ebola MVE (Filoviridae), la fièvre de Lassa (Arenaviridae), la fièvre de la vallée du Rift (Bunyaviridae), la fièvre hémorragique de Crimée-Congo CCHF (Bunyaviridae), le virus Nipah (Paramyxoviridae), le virus Zika (Flaviviridae), le virus Chikungunya (Togaviridae), le virus de la grippe aviaire (Orthomyxoviridae), la dengue (Flaviviridae) le VIH/SIDA (Retroviridae), etc. Certaines de ces maladies sont propagées par des espèces d’insectes et de tiques. La grande majorité des coronavirus sont modérément pathogènes mais peuvent provoquer parfois des affections sévères chez l’homme, tels que le syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) et le syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS). Leurs agents infectieux, virus à ARN d’origine animale, se répliquent dans les arthropodes et les vertébrés d’où ils sont inoculés à d’autres vertébrés par les morsures ou piqûres d’animaux hématophages. Les moustiques, dont nous connaissons tous l’agressivité et dont le simple fait d’évoquer le nom peut nous donner l’envie de nous gratter, ne sont pas inoffensifs ou étrangers à certaines affections. En plus des insupportables démangeaisons qu’ils provoquent, ils sont aussi vecteurs de certaines maladies graves : dengue, chikungunya et autre paludisme. C’est sur cet aspect particulièrement entomologique que nous focaliserons notre discussion, sachant que dans une guerre déclarée, bien connaître son ennemi permet de mieux en découdre.
S’agissant de la diversité spécifique des arbovirus, au moins 135 sont identifiés comme agents inducteurs de maladies humaines pouvant aller d’une affection asymptomatique à mortelle. Les symptômes sont généralement regroupés en malaises neurologiques invasives, fièvre hémorragique et fébrilité systémique. Et tels qu’ils sont abondamment popularisés maintenant par les médias de masse, les coronavirus peuvent être transmis par les sécrétions respiratoires, le contact direct par toucher des surfaces contaminées, les mains sales infectées, les yeux, le nez, la bouche, la voie féco-orale…
C’est en 1937 que le coronavirus a été isolé pour la première fois dans des bronchites infectieuses chez les oiseaux et qui avait causé de graves dommages à la production avicole. Plus tard, dans les années 1960, des chercheurs ont constaté des indices de deux coronavirus humains (HCoV) chez des patients enrhumés. Chaque chose en son temps, d’autres coronavirus ont été ensuite découverts. Aujourd’hui, sept types de coronavirus humains, provoquant des infections respiratoires chez les enfants et les adultes, sont identifiés : 229E (HCoV-229E), NL63 (HCoV-NL63), OC43 (HCoV-OC43), HKU1, MERS-CoV, SARS-CoV et SARS-CoV-2 ou CoV-2019 ou COVID-19 ou nouveau coronavirus-2019, responsable de la pandémie qui sévit aujourd’hui dans le monde et contre laquelle tous les grands laboratoires- aux budgets supérieurs au PIB de bien des États – dont la recherche n’est pas désintéressée et les investissement toujours optimisés, s’activent pour trouver le vaccin salvateur !
Origine du virus et modes de transmission
L’origine de ce virus serait les chauves-souris et les pangolins de Chine, conférant à ce pays le titre d’atelier du monde en tout ! Ce n’est pas une plaisanterie, c’est le mérite de sa réussite économique qui lui vaut cette distinction. Après tout ne parle-t-on pas de l’Inde comme bureau du monde et des USA comme laboratoire du monde ?
Plus simplement, en ce qui concerne la COVID-19, elle est transmise par des gouttelettes respiratoires, un contact étroit avec des malades infectés, le contact avec des objets et équipements appartenant aux patients atteints, des aérosols, la toux et les éternuements non protégés et éventuellement la voie féco-orale. La toux, l’éternuement sont des conséquences ennuyeuses de l’activité du virus car il semble qu’ils soient délibérément créés par le pathogène lui-même pour l’aider à voyager d’un hôte à l’autre ! Non content d’être simplement respiré dans l’atmosphère, le virus nous fait tousser et éternuer par à-coups. À titre de modèle, c’est aussi le comportement du virus de la rage transmis par la salive de l’animal mordeur. Chez le chien, l’un des symptômes de la maladie est une sécrétion abondante de salive et le canin qui était normalement gentil, tendre, obéissant et calme, devient un mordeur féroce. Il est inquiétant aussi de constater qu’au lieu de rester chez lui, le chien devient errant, au comportement frénétique, tout cela pour propager très loin le virus. Tout se passe comme si le virus manipulait son hôte à son avantage. D’ailleurs, dans la nature, un tel abus n’est pas rare. D’innombrables espèces manipulent, pour leurs intérêts, d’autres selon de stupéfiants mécanismes. De cette galerie de l’horreur j’évoque : les guêpes qui larguent des neurotoxines dans le cerveau d’un cafard afin de pondre dans un garde-manger vivant immobilisé. Le champignon qui s’empare du système nerveux d’une fourmi pour se faire transporter vers son site de reproduction idéal… Certains parasites qui ne se contentent pas de tirer profit de leur “hôte”, en s’y alimentant et en s’y se reproduisant à ses dépens, modifient jusqu’à sa morphologie, sa physiologie ou son comportement… Insectes, vers, virus, plasmides, champignons, protozoaires … ces étonnants manipulateurs prennent le contrôle de l’organisme qui les héberge, l’asservissent, le transforment en zombie ou le poussent au suicide pour leur seul bénéfice. L’exemple le plus connu est celui du Bombyx du chêne ; les chenilles de ce papillon mangent les bruyères et les myrtilles, vivent donc normalement dans les sous-bois. Victimes d’un redoutable micro-organisme dit baculovirus, elles sont poussées malgré elles à rejoindre les sommets des arbres. Ainsi en infectant ses chenilles, le baculovirus modifie leur comportement. Au lieu de rester dans les sous-bois, les larves contaminées s’élèvent plus haut, se liquéfient et explosent pour assurer tous azimuts la dissémination du virus.
L’affection au Coronavirus est apparue à Wuhan, en Chine, à la fin de 2019, provoquant localement une épidémie de pneumonie avec des symptômes tels que fièvre, myalgie et fatigue. Depuis, du fait de la mondialisation économique, elle s’est imposée progressivement comme une urgence sanitaire internationale dont l’agitation continue de gonfler, effrayant chaque jour davantage le monde entier dans sa santé et son économie qui s’effondre pendant que le virus flambe. Dans la course à la modélisation de l’infection et à la recherche de faille dans la vie du virus permettant de développer un médicament efficace, des scénarios plus ou moins alarmistes, plus ou moins optimistes, ont été proposés en prolongeant indument certaines courbes de la période printanière pour coller à l’un des modèles biologiques connus : exponentiel, en S, oscillatoire, croissance et dépassement, dépassement et effondrement… On simplifie la complexité de la pandémie par des simulations incarnant la froide rigueur mathématique, qui conduit à des raisonnements standardisés. Le virus étant mis en équation, on est tranquille et tout le monde voit et conclut la même chose ! On oublie souvent que les modèles ne sont que des esquisses didactiques bien éloignées de la réalité naturelle et que par-delà la forme de la courbe, la vérité est bien plus complexe. Pour les avoir éprouvés sur quelques populations d’insectes, je ne pense pas que l’un d’eux soit plus proche de ce qui se passe que l’autre. À peine établissent-ils un lien entre ce que nous prétendons savoir et ce que nous commençons à savoir ! Ils récapitulent des processus plus complexes. Ils ont pour avantage la visualisation ce qui est une économie de mots. Les modèles sont des outils qui ne donnent pas de réponses mais produisent des questions. Pourquoi a-t-on sollicité le concours des modèles durant la période printanière de la pandémie et maintenant on en parle moins ? On se sert des modèles quand notre pensée est en but avec un chaos pour nous aider à structurer ce chaos. Les modèles aident à lisser la complexité des choses en masquant la plus grande partie pour nous concentrer sur ce qu’on peut appeler l’essentiel.
D’après les preuves disponibles, les émissions aériennes du COVID-19 ne sont pas considérées comme la principale voie de transmission. La passation interhumaine du virus se produit principalement au sein des familles, des groupements et des rassemblements par la promiscuité. Des études ont montré que le taux d’attaque secondaire (R0 ou taux de morbidité après infection du premier membre de la famille) au sein des familles est de 3% à 10%. D’autres études chinoises dévoilent que 78 à 85% des transmissions se produisent au sein des familles. Selon ces travaux, les maisons d’habitation jouent un rôle décisif dans la transmission de la maladie. Une observation réconfortante : il n’y a aucune propagation du COVID-19 par des arthropodes suceurs de sang tels que les moustiques, les tiques…. Toutefois, des insectes comme les cafards et les mouches domestiques, vecteurs mécaniques ordinaires d’agents pathogènes, peuvent le colporter s’ils étaient en contact avec des surfaces contaminées ou avec les excréments d’individus infectés.
En février 2020, l’Organisation mondiale de la santé a désigné la COVID-19 comme une maladie causée par le nouveau coronavirus-2019 (nCoV-2019). Le problème le plus important à propos de ce virus est sa transmission car il peut être bien contrôlé si les voies de propagation sont connues. Selon l’OMS, il n’y a aucune certitude sur la durée de survie du virus COVID-19 sur les surfaces inertes, mais le virus semble procéder comme les autres coronavirus. Des études préliminaires montrent que les coronavirus, y compris le virus COVID-19, peuvent subsister sur les surfaces pendant plusieurs heures à plusieurs jours. Cela peut varier dans différentes circonstances (type de surface, température, humidité, vent …). Selon certains travaux, les habitations jouent un rôle important dans la transmission de la maladie. Dans certains cas, le virus vivant a été signalé dans les selles de patients. Cependant, la voie fécale ne semble pas être responsable de sa transmission. Le rôle et l’importance de cette voie n’ont pas encore été déterminés, mais les matières fécales peuvent être considérées comme une source importante possible de sa transmission. Par conséquent, tout organisme en contact ou se nourrissant d’excréments humains peut jouer un rôle dans la transmission du virus. De là, le rôle des insectes tels que les mouches domestiques et les cafards dans sa diffusion.
Ces insectes ont l’aptitude de porter et de distribuer mécaniquement divers agents pathogènes tels que les virus, les bactéries et les parasites sous des formes variées. Ils sont capables de transmettre de multiples pathogènes à travers leurs pièces buccales, leurs pattes, leurs poils, leurs chiures…. Les mouches domestiques et les blattes (cafards), par leur manière de toucher à tout, se nourrissent de diverses substances, dont les déchets et souillures humains et animaux (sucre, fruits pourris, crachats, sécrétions nasales, déchets divers, sang frais et séché, cadavres en décomposition, selles, etc.). Elles jouent un rôle dans la transmission d’agents qui provoquent des maladies telles que la tuberculose, la lèpre, la diarrhée, la dysenterie, le choléra, la typhoïde, le trachome, la conjonctivite, la polio, l’hépatite A… Elles sont également des vecteurs de certains champignons (Trichophyton et Candida), des œufs de vers parasites et de kystes de protozoaires. Les mouches et les cafards, toujours actifs, disposent de puissants pouvoirs visuels et olfactifs et volent ou marchent inlassablement à la recherche de nourriture.
Gestion du COVID-19
Les mesures de prévention contre les coronavirus sont similaires à celles des infections à rhinovirus, qui comprennent la distance sociale, le lavage fréquent des mains et l’élimination prudente des matériaux contaminés, les masques. L’utilisation de désinfectants de surface est également une opération importante dans la lutte contre les infections, car les coronavirus peuvent survivre plusieurs jours sur des matériaux tels que l’acier inoxydable, les plastiques, la céramique, les tissus, les outils de taille, les emballages et les caisses de cueille des fruits et légumes… Gérer la COVID-19 en prévenant sa rapidité et sa propagation dangereuse est un défi de tous les instants. La lutte contre cette maladie nécessite une gestion intégrée. Cependant, étant donné la variabilité potentielle de la maladie, selon les types de climat et autres facteurs environnementaux, sa prévention et son contrôle doivent être planifiés au niveau régional. Les méthodes doivent être adaptées aux conditions environnementales et saisonnières et aux besoins de chaque région. Dans l’attente d’un vaccin approprié, les méthodes de contrôle environnemental doivent être privilégiées. À cet égard, il est fondamental d’éliminer les vecteurs mécaniques possibles tels que les cafards et les mouches dans les lieux publics et les résidences. Les matériaux en décomposition, les décharges les fumières autour des fermes d’élevage et de volaille, les parcs à animaux, les poubelles, etc. réjouissent les mouches domestiques et les cafards.
Les méthodes de lutte contre les mouches domestiques et les blattes par un meilleur assainissement de l’environnement tel que le placement des déchets dans des sacs fermés et des poubelles avec couvercles, des sites de remplissage des zones sanitaires, des toilettes hygiéniques, des systèmes d’évacuation appropriés des eaux usées et l’évitement de l’accumulation de fumier de bétail à proximité des zones résidentielles, l’installation des sanitaires dans les fermes, produisent des résultats satisfaisants. L’installation de moustiquaires sur les portes, les fenêtres et les ventilateurs, le recouvrement des contenants alimentaires et l’utilisation d’appâts empoisonnés, de pièges à lumière et de pièges collants sont des techniques de contrôle de ces insectes vecteurs. La lutte chimique à l’aide d’insecticides, effectuée après consultation de spécialistes en raison de ses risques potentiels, est un moyen efficace d’élimination des vecteurs. Parmi les techniques de lutte intégrée, les plantes tels que la lavande, le basilic, les plantes carnivores, la mélisse, l’eucalyptus… sont aussi assez efficaces dans l’éviction des mouches domestiques.
